A principal diferença entre o sequenciamento shotgun e o sequenciamento de próxima geração é que o sequenciamento shotgun é um método de sequenciamento que quebra aleatoriamente as sequências de DNA em muitos fragmentos pequenos e remonta a sequência observando as regiões sobrepostas durante o próximo sequenciamento de próxima geração (NGS) é um método avançado de sequenciamento genético que depende da eletroforese capilar.
Sequenciamento é o processo que determina a ordem precisa dos nucleotídeos em um gene, um agrupamento de genes, um cromossomo e um genoma completo. É muito importante em estudos genômicos, estudos forenses, virologia, sistemática biológica, diagnóstico médico, biotecnologia e em muitos outros campos para analisar a estrutura e função dos genes e identificação de organismos. Além disso, existem diferentes tipos de métodos de sequenciamento disponíveis. Sequenciamento de Shotgun e Sequenciamento de Próxima Geração são dois métodos avançados entre eles.
O que é sequenciamento de espingarda?
Sequenciamento Shotgun é um método de sequenciamento que quebra aleatoriamente as sequências de DNA de todo o cromossomo ou genoma inteiro em muitos pequenos fragmentos e reagrupa as sequências por computadores através da observação das sequências ou regiões sobrepostas. Geralmente, os genomas de mamíferos são estruturalmente complexos e maiores em tamanho. Portanto, eles são difíceis de sequenciar por clonagem, pois é demorado. O sequenciamento de espingarda é um método mais rápido. Também é mais barato de realizar. Portanto, os cientistas modernos confiam no método de sequenciamento shotgun para lidar com genomas complexos.
Figura 01: Sequência de Shotgun
O procedimento de sequenciamento Shotgun é comparativamente simples. Começa com a fragmentação de todo o genoma em tamanhos variados de bases de 20 quilos a bases de 300 quilos. Em seguida, cada fragmento deve ser sequenciado usando o método de terminação de cadeia. Após o sequenciamento, é necessário montar os fragmentos observando as regiões sobrepostas usando um software de computador sofisticado. O mapeamento convencional e a clonagem de sequências não são necessários para este método. Além disso, o uso de mapa genético não ocorre neste método. No entanto, como não há uso de mapas genômicos existentes, é mais provável que ocorram erros durante a montagem. É uma das principais desvantagens deste método. Além disso, fragmentos mais curtos fornecem menos informações exclusivas para cada leitura nesse método. Além disso, o sequenciamento shotgun não produz dados suficientes para determinar uma sequência de consenso no padrão de precisão exigido.
Apesar das desvantagens acima mencionadas, o método de sequenciamento shotgun é atualmente a estratégia mais eficiente e econômica para sequenciar genomas microbianos, incluindo bactérias, vírus e leveduras. É porque seus genomas não possuem regiões repetitivas que são difíceis de sequenciar, e é possível montar esses genomas facilmente em cromossomos sem erros.
O que é sequenciamento de próxima geração?
Sequenciamento de próxima geração (NGS) é um termo usado para se referir aos processos modernos de sequenciamento de alto rendimento. Ele descreve uma série de diferentes tecnologias modernas de sequenciamento que revolucionaram os estudos genômicos e a Biologia Molecular. Essas técnicas incluem sequenciamento Illumina, sequenciamento Roche 454, sequenciamento Ion Proton e sequenciamento SOLiD (Sequencing by Oligo Ligation Detection). Os sistemas NGS são mais rápidos e baratos. Quatro métodos principais de sequenciamento de DNA são usados em sistemas NGS: pirosequenciamento, sequenciamento por síntese, sequenciamento por ligação e sequenciamento de íons semicondutores. Um grande número de fitas de DNA ou RNA (milhões de) pode ser sequenciado em paralelo por NGS. Ele permite o sequenciamento de todo o genoma dos organismos em um curto período de tempo.
Figura 02: Sequenciamento de Próxima Geração
NGS tem diferentes vantagens. É um processo de alta velocidade, mais preciso e econômico que pode ser realizado com um pequeno tamanho de amostra. Assim, permite a análise de todo o genoma humano em um único experimento de sequenciamento. Além disso, NGS pode ser usado em estudos metagenômicos, na detecção de variações dentro de um genoma individual devido a inserções e deleções, etc., e na análise de expressões gênicas. Além disso, o NGS pode analisar transcriptomas inteiros de um grande número de tecidos simultaneamente. Assim, NGS revolucionou a análise de transcriptomas.
Quais são as semelhanças entre o sequenciamento de espingarda e o sequenciamento de próxima geração?
- Sequenciamento Shotgun e sequenciamento de próxima geração são dois métodos de sequenciamento de genoma.
- Ambos os métodos são métodos rápidos.
- Além disso, são métodos econômicos.
- Eles são capazes de sequenciar muitos fragmentos de DNA em paralelo.
Qual é a diferença entre o sequenciamento de espingarda e o sequenciamento de próxima geração?
Sequenciamento Shotgun e sequenciamento de próxima geração são duas técnicas avançadas de sequenciamento. O método de sequenciamento Shotgun quebra aleatoriamente as sequências de DNA de todo o cromossomo ou genoma inteiro em muitos fragmentos pequenos e remonta as sequências por computadores observando as sequências ou regiões sobrepostas. Em contraste, Next Generation Sequencing (NGS) é um termo que se refere aos modernos processos de sequenciamento de alto rendimento. Portanto, esta é a principal diferença entre o sequenciamento shotgun e o sequenciamento da próxima geração. Além disso, o sequenciamento de próxima geração é uma técnica que depende da eletroforese capilar, enquanto o sequenciamento shotgun não depende. Portanto, essa também é uma diferença entre o sequenciamento shotgun e o sequenciamento de próxima geração. Além disso, em comparação com o sequenciamento shotgun, o sequenciamento de próxima geração é altamente sensível e altamente preciso.
Resumo – Sequenciamento de Shotgun vs Sequenciamento de Nova Geração
Sequenciamento Shotgun e sequenciamento de próxima geração são dois métodos de sequenciamento usados no sequenciamento do genoma. Ambos os métodos são métodos rápidos e econômicos. O NGS trabalha com o princípio de sequenciar milhões de sequências simultaneamente de forma rápida através de um sistema de sequenciamento. Em contraste, o sequenciamento shotgun requer a quebra de genomas em pequenos fragmentos e sequenciamento e remontagem usando sequências sobrepostas. Então, isso resume a diferença entre o sequenciamento shotgun e o sequenciamento de próxima geração.
