Key Difference – Sonda vs Primer
A sonda molecular é um pequeno fragmento de DNA ou RNA que reconhece as sequências complementares em DNA ou RNA e permite a identificação da sequência alvo. Primer é um pequeno trecho de DNA ou RNA que serve como ponto de partida para a síntese de DNA. Primers e sondas hibridizam com os nucleotídeos complementares do DNA molde ou do DNA alvo. No entanto, a principal diferença entre a sonda e o primer é que os primers são necessários para a replicação do DNA, enquanto as sondas são necessárias para a detecção de sequências específicas no DNA da amostra.
O que é uma Sonda?
Probe é um pequeno fragmento de DNA ou RNA usado para detectar o DNA ou RNA alvo na amostra por hibridização molecular. Eles também são conhecidos como marcadores moleculares. O comprimento da sonda pode variar (100 a 1000 bases), e os nucleotídeos da sonda são complementares à parte da sequência alvo. Para facilitar a detecção, as sondas são marcadas com isótopos radioativos ou com corantes ou anticorpos fluorescentes. As sondas se ligam às bases complementares da sequência alvo e revelam a presença do DNA ou RNA alvo na amostra. Existem dois métodos principais de rotulagem de sondas: rotulagem final e tradução de nick. As sondas são categorizadas em diferentes tipos, incluindo sondas de DNA, sondas de RNA, sondas de cDna e sondas de oligonucleotídeos sintéticos, e são preparadas usando diferentes técnicas.
As sondas são ferramentas importantes em muitas áreas microbianas e moleculares, como virologia, patologia forense, testes de paternidade, impressão digital de DNA, detecção de doenças genéticas, RFLP, citogenética molecular, hibridização in situ, etc.
Figura 01: Sonda marcada fluorescentemente usada em FISH para detecção de patógenos
O que é uma cartilha?
Primer é um fragmento curto de DNA ou RNA que serve como iniciador para a síntese de DNA. A enzima DNA polimerase adiciona nucleotídeos ao grupo 3' OH da sequência iniciadora e sintetiza a nova fita complementar ao DNA molde. Primers são fragmentos muito curtos com o comprimento de 18 a 20 nucleotídeos. Eles são sintetizados quimicamente em laboratório para amplificação de DNA in vitro (PCR). Os primers podem ter qualquer sequência de nucleotídeos desde que sejam projetados pelo usuário. Eles são sintetizados para combinar com as bases complementares do DNA molde. Portanto, pode ter qualquer sequência de nucleotídeos. Os primers são de extrema importância para a replicação do DNA, pois a DNA polimerase não pode sintetizar novo DNA sem um pedaço de DNA preexistente. Ao projetar os primers para PCR, as seguintes coisas precisam ser consideradas:
- Primers devem conter os nucleotídeos complementares à extremidade flanqueadora do DNA que deseja amplificar.
- Primers devem ter temperatura de fusão entre 55 – 65 0C
- G e C conteúdo deve estar entre 50 a 60%.
Dois primers são usados na PCR como direto e reverso para replicar ambas as fitas do DNA da amostra. Os primers são comumente usados para realizar PCR e sequenciamento de DNA.
Figura 02: Recozimento do primer em PCR
Qual é a diferença entre Probe e Primer?
Sonda vs Primer |
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| Probe é um pequeno fragmento de DNA/RNA usado para detectar a presença da sequência alvo em uma amostra por hibridização molecular. | Primer é um pequeno trecho de DNA ou RNA que serve como ponto de partida para a replicação do DNA. |
| Função | |
| Isso detecta a presença de uma sequência específica na amostra de DNA ou RNA. | Isso funciona como um ponto de partida para a síntese de DNA. |
| Comprimento | |
| O comprimento pode estar no intervalo de 100 – 1000 bases | O comprimento é geralmente cerca de 18 – 20 bases |
| Ligação com Sequência Complementar | |
| A sonda hibridiza com as bases complementares da sequência alvo | Primer hibrida com as bases complementares das fitas de DNA. |
| Rotulagem | |
| As sondas são rotuladas para facilitar a detecção | Primeiros geralmente não são rotulados |
| Uso em PCR | |
| As sondas não são usadas em PCR | Primers são usados em PCR |
Resumo – Sonda vs Primer
Probe é um pequeno fragmento de sequência de DNA ou RNA que pode ser hibridizado com nucleotídeos complementares para detectar uma sequência alvo na amostra. As sondas são marcadas radioativamente, imunologicamente ou fluorescentemente para ver a presença da sequência alvo. Primer é um fragmento de DNA ou RNA muito pequeno que atua como ponto de partida para a amplificação de DNA in vitro. A DNA polimerase identifica o primer do grupo 3' OH e inicia a construção de uma nova fita complementar ao molde. Sondas e primers funcionam de maneira semelhante, hibridizando com nucleotídeos complementares. Assim, a principal diferença entre sonda e primer é sua função principal.
