A principal diferença entre primers aleatórios e oligo dT é que o primer aleatório é uma mistura de todas as sequências de oligonucleotídeos hexâmeros possíveis, enquanto o primer oligo dT consiste em um trecho de fita simples de 12–18 desoxitimidinas.
A transcrição reversa é um mecanismo no qual o cDNA pode ser sintetizado usando mRNA ou qualquer espécie de RNA. Para produzir cDNA, a enzima transcriptase reversa e outros componentes necessários devem ser fornecidos, especialmente o molde e os primers. Os primers são as sequências curtas de DNA projetadas especificamente para a amplificação das sequências alvo. Iniciadores aleatórios e iniciadores oligo dT são dois tipos comuns de iniciadores usados na transcrição reversa. Portanto, primer aleatório ou primer oligo dT são sequências oligonucleotídicas de DNA curtas necessárias para que a transcriptase reversa inicie a transcrição reversa. Dependendo do modelo de RNA, o primer adequado pode ser selecionado entre esses dois tipos de primer.
O que são Primários Aleatórios?
O primer aleatório é uma mistura de oligonucleotídeos representando todas as sequências de hexâmeros possíveis. A sequência do primer aleatório é 5' - d (NNNNNN) -3' N=G, A, T ou C. Portanto, primers aleatórios podem ser usados para a amplificação de DNA ou RNA de fita simples por DNA polimerase ou transcriptase reversa, respectivamente. Além disso, a mistura aleatória de primers é capaz de amplificar todas as regiões do RNA para gerar cDNA. Assim, produz vários comprimentos de cDNA.
Figura 01: Cartilhas Aleatórias
Mais importante, a mistura de primers aleatórios não mostra especificidade do modelo. É incapaz de distinguir mRNA e outras espécies de RNA. E, ele combina com qualquer espécie de RNA na amostra. No entanto, a mistura de primer aleatório é adequada para transcrição reversa de RNAs sem caudas poli(A), como rRNA, tRNA, RNAs não codificantes, RNAs pequenos, mRNA procariótico etc., RNA degradado e RNA com estruturas secundárias conhecidas.
O que é Oligo dT?
Oligo dT primer é um trecho de 12 – 18 desoxitimina (dT). A sequência iniciadora pode ser representada como 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. É usado para a produção de cDNA a partir de mRNA contendo cauda poli(A). Basicamente, ele atua como um primer para a reação catalisada pela transcriptase reversa. Durante a transcrição reversa, o oligo dT primer hibrida com a cauda poli-adenilada encontrada na extremidade 3' da maioria dos mRNAs eucarióticos e inicia o processo.
Figura 02: Transcrição Reversa Usando Oligo dT Primer
Ao contrário do primer aleatório, o primer oligo dT não é adequado para RNA degradado ou RNA que não possui caudas poli(A), incluindo RNA procariótico e microRNA.
Quais são as semelhanças entre Random Primers e Oligo dT?
- Random primer e oligo dT primer são dois tipos de primers que são usados na transcrição reversa e na produção de cDNA.
- Usar o primer aleatório e o primer oligo dT juntos aumenta a sensibilidade da síntese de cDNA.
- São sequências curtas de nucleotídeos de fita simples.
Qual é a diferença entre Random Primers e Oligo dT?
O primer aleatório é uma sequência curta de oligonucleotídeos composta por uma sequência aleatória. Enquanto isso, o primer oligo dT é uma fita curta composta de 12 a 18 desoxitimidinas. Então, esta é a principal diferença entre primers aleatórios e oligo dT. A sequência do iniciador aleatório é 5' - d (NNNNNN) -3' N=G, A, T ou C. Considerando que a sequência do iniciador oligo dT é 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3'. Portanto, podemos considerar isso como outra diferença entre primers aleatórios e oligo dT.
Além disso, os primers aleatórios não mostram especificidade do modelo e hibridizam com qualquer espécie de RNA, enquanto os primers oligo dT mostram especificidade para caudas poli(A) do mRNA eucariótico.
O infográfico abaixo resume a diferença entre primers aleatórios e oligo dT.
Resumo – Random Primers vs Oligo dT
Random primer e oligo dT primer são dois tipos de primers usados na síntese de cDNA. O primer aleatório consiste em uma mistura de oligonucleotídeos, representando todas as sequências de hexâmeros possíveis, enquanto o primer oligo dT é uma sequência de fita simples de 12 a 18 desoxitimidinas. Então, esta é a principal diferença entre primers aleatórios e oligo dT. Além disso, os primers oligo dT são úteis para a transcrição reversa completa de RNA com cauda poli(A), enquanto os primers aleatórios são úteis para a transcrição reversa da maioria das espécies de RNA, incluindo RNA degradado, RNA que não possui caudas poli(A) e RNA contendo estruturas secundárias. Portanto, o primer aleatório não mostra especificidade do modelo, enquanto o primer oligo dT mostra especificidade para mRNA eucariótico contendo cauda poli(A).
