A principal diferença entre o sequenciamento shotgun hierárquico e de genoma inteiro é que no sequenciamento shotgun hierárquico, o genoma é dividido em fragmentos maiores antes do sequenciamento, enquanto no sequenciamento shotgun de genoma inteiro, todo o genoma é dividido em pequenos fragmentos para sequenciamento.
Sequenciamento é uma técnica importante em processos moleculares, especialmente na identificação precisa de espécies. Na verdade, é a técnica de identificar a ordem precisa dos nucleotídeos em um gene ou genoma. Existem muitas técnicas de sequenciamento. Alguns deles incluem o Método Maxam Gilbert, o Método Sanger e o método Sanger automatizado.
O que é Sequenciamento Hierárquico de Shotgun?
Seqüenciamento de Shotgun Hierárquico é um método de seqüenciamento. Também é chamado de “sequenciamento de cima para baixo”. Além disso, este método consiste em duas etapas: a primeira etapa é a amplificação do genoma e a segunda etapa é a fragmentação do genoma. Neste método, o genoma é cortado em grandes fragmentos primeiro. Segue-se a clonagem desses grandes fragmentos em vários hospedeiros usando vetores ou cromossomos artificiais. Em seguida, esses vetores recombinantes são organizados em uma biblioteca. Durante o sequenciamento shotgun, os clones do vetor recombinante são sequenciados individualmente. Os fragmentos nos clones passam por digestão de restrição para reduzir ainda mais o tamanho do genoma, passando por sequenciamento.
Figura 01: Sequenciamento Hierárquico da Shotgun
Durante o sequenciamento hierárquico de espingarda, os grandes pedaços de fragmentos devem ser organizados em ordem, antes do sequenciamento de espingarda. Ela ocorre com o auxílio dos marcadores moleculares que são incorporados durante o processo de clonagem.
O sequenciamento hierárquico de shotgun cria um mapa de genes de baixa resolução. Mas cria um mapa de sequência ordenado. Assim, leva uma duração mais longa do que o sequenciamento direto. Todo o processo atrasa devido à criação de uma biblioteca de vetores recombinantes. É também uma técnica de trabalho intensivo. No entanto, atualmente, a técnica é automatizada para facilitar o trabalho.
O que é o sequenciamento completo da espingarda do genoma?
O sequenciamento shotgun do genoma inteiro é um processo de sequenciamento de uma única etapa. Nesse processo, todo o cisalhamento do genoma ocorre primeiro. Em seguida, cada um desses pequenos fragmentos é sequenciado aleatoriamente. Após a conclusão do sequenciamento, ocorre a análise das sequências. Durante a análise de sequência, as sequências sobrepostas são removidas e a análise não é um processo ordenado. Portanto, a montagem de sequências é um processo menos eficiente em comparação com o sequenciamento shotgun hierárquico. No entanto, o processo de sequenciamento shotgun do genoma inteiro é mais rápido e a análise de todo o genoma pode ocorrer em uma única instância.
Quais são as semelhanças entre o sequenciamento hierárquico e o sequenciamento completo do genoma?
- Sequenciamento shotgun hierárquico e genoma completo são duas abordagens de sequenciamento.
- Ambos passam por métodos de sequenciamento Sanger ou métodos automatizados de sequenciamento Sanger.
- Eles estão envolvidos no sequenciamento de fragmentos de DNA e RNA.
- Além disso, ambos os métodos são importantes em diagnóstico molecular e fins de pesquisa.
- Atualmente, ambas as técnicas são automatizadas ou baseadas em computador.
- Ambas as técnicas dependem da fragmentação do genoma.
Qual é a diferença entre o sequenciamento hierárquico e o sequenciamento de espingarda de genoma completo?
O sequenciamento shotgun hierárquico gera fragmentos de tamanho maior em comparação ao sequenciamento shotgun de genoma completo, que funciona com pequenos fragmentos de sequências. Portanto, esta é a principal diferença entre o sequenciamento shotgun hierárquico e o genoma completo. Além disso, o sequenciamento de shotgun hierárquico consiste em duas etapas principais, enquanto o sequenciamento de shotgun de todo o genoma depende de uma etapa principal.
Além disso, outra diferença entre o sequenciamento shotgun hierárquico e de genoma inteiro é que a resolução é maior no sequenciamento shotgun de genoma completo em comparação com o sequenciamento shotgun hierárquico.
O infográfico abaixo resume a diferença entre sequenciamento shotgun hierárquico e genoma completo.
Resumo – Hierárquico vs Sequenciamento de espingarda do genoma inteiro
Sequenciamento shotgun hierárquico e de genoma completo são duas técnicas para sequenciar genomas grandes. A sequência hierárquica shotgun é um processo de sequenciamento em duas etapas, onde o genoma é dividido em fragmentos maiores. Em contraste, o sequenciamento shotgun de todo o genoma é um sequenciamento de etapa única em que o genoma é dividido em pequenos fragmentos e sequenciado diretamente. Assim, esta é a principal diferença entre o sequenciamento shotgun hierárquico e de genoma completo. Além disso, os aspectos técnicos podem variar entre as duas técnicas.
