A principal diferença entre dNTP e ddNTP é que dNTP ou desoxirribonucleotídeos são os blocos de construção do DNA e têm um grupo 3'-OH na estrutura de açúcar pentose, enquanto ddNTP ou trifosfatos de didesoxinucleosídeos são nucleotídeos que não possuem o grupo 3'-OH e eles são usados na técnica de sequenciamento de DNA didesoxi de Sanger para produzir sequências de DNA de diferentes comprimentos.
dNTP e ddNTP são nucleotídeos. dNTP refere-se a nucleótidos desoxirribose. Eles são os blocos de construção do DNA. dNTPs são usados para sintetizar DNA. dNTP, por outro lado, refere-se a trifosfatos de didesoxinucleosídeos. Eles são usados no sequenciamento de Sanger para terminar a síntese de DNA em diferentes comprimentos. Eles não têm grupo OH na posição 3'. Um hidrogênio está presente na posição 3' em vez do grupo OH. Portanto, os ddNTPs são incapazes de formar uma ligação fosfodiéster com o próximo nucleotídeo. dNTP é capaz de realizar a síntese de DNA, enquanto ddNTP é capaz de terminar a polimerização de DNA.
O que é dNTP?
dNTP significa nucleotídeo desoxirribose ou desoxirribonucleotídeo. É o bloco de construção do DNA. Existem quatro tipos de dNTPs. Eles são dATP, dTTP, dCTP e dGTP. Eles são nomeados de acordo com as bases nitrogenadas purinas ou pirimídicas: Adenina (A), Guanina (G), Timina (T) e Citosina (C).
Figura 01: dNTP
Adenina e guanina são bases de purina enquanto timina e citosina são bases de pirimidina. O açúcar pentose do dNTP é a desoxirribose. Há também um grupo fosfato. Portanto, o dNTP é composto por três componentes: uma base nitrogenada, açúcar desoxirribose e um grupo fosfato. Esses dNTPs se combinam por meio de ligações fosfodiéster. Nos dNTPs, há um grupo OH ligado à posição 3' do açúcar pentose que é necessário para formar uma ligação com o grupo fosfato ligado ao carbono 5' do açúcar do próximo nucleotídeo. Como todos os dNTPs possuem esse grupo 3'-OH, eles são capazes de sintetizar e estender fitas de DNA. Assim, o dNTP atua como a unidade básica de repetição do DNA e da matéria química dos genes. A síntese de DNA sempre ocorre de 5' a 3'.
O que é DdNTP?
Sequenciamento de Sanger é um método de sequenciamento de DNA de primeira geração desenvolvido por Frederick Sanger e suas faculdades em 1977. Também é conhecido como sequenciamento de terminação de cadeia ou sequenciamento de dideoxi, pois o princípio básico deste método é a terminação da cadeia usando trifosfatos de didesoxinucleosídeos (ddNTP). ddNTPs são nucleotídeos usados no sequenciamento de Sanger. O sequenciamento de Sanger é baseado na incorporação seletiva de ddNTPs e na terminação da síntese de DNA durante a replicação do DNA in vitro. A especialidade dos ddNTPs é que eles não possuem o grupo 3'-OH no açúcar pentose para continuar a formação da ligação fosfodiéster entre o grupo fosfato de 5' no nucleotídeo adjacente. Assim, uma vez que um ddNTP é anexado à fita de extensão, o alongamento da cadeia cessa e termina a partir desse ponto. Os ddNTPs atuam como inibidores de alongamento de cadeia da DNA polimerase durante o método de sequenciamento Sanger.
Figura 02: ddNTP
Existem quatro ddNTPs: ddATP, ddCTP, ddGTP e ddTTP usados no sequenciamento Sanger. Esses nucleotídeos interrompem o processo de replicação do DNA quando são incorporados à fita crescente de DNA. Como resultado, o sequenciamento de Sanger produz comprimentos variados de DNA curto. A eletroforese capilar em gel é usada para organizar essas fitas curtas de DNA por seus tamanhos em um gel. Os ddNTPs são marcados radioativamente ou fluorescentemente com cores diferentes para facilitar a análise da sequência de DNA. Ao analisar o gel, a sequência de nucleotídeos da fita de DNA desconhecida pode ser determinada.
Quais são as semelhanças entre dNTP e DdNTP?
- Ambos dNTP e ddNTP são usados no sequenciamento Sanger.
- Existem quatro tipos de dNTPs e ddNTPs.
- São compostos por três componentes: uma base nitrogenada, açúcar desoxirribose e grupos fosfato.
Qual é a diferença entre dNTP e DdNTP?
dNTP é um dos quatro tipos de desoxirribonucleotídeos que são blocos de construção do DNA. ddNTP é um dos quatro tipos de trifosfatos didesoxirribonucleosídeos usados na técnica de sequenciamento de Sanger. dNTP tem um grupo 3'-OH no açúcar pentose, enquanto o ddNTP não possui um grupo 3'-OH no açúcar pentose. Assim, esta é a principal diferença entre dNTP e ddNTP. Além disso, os dNTPs realizam a polimerização do DNA enquanto os ddNTPs terminam a polimerização do DNA. Portanto, esta é outra grande diferença entre dNTP e ddNTP.
O infográfico abaixo lista as diferenças entre dNTP e ddNTP em forma de tabela.
Resumo – dNTP vs DdNTP
Os dNTPs normais são blocos de construção do DNA, enquanto os ddNTPs são nucleotídeos usados na técnica de sequenciamento de Sanger. dNTP tem 3'-OH enquanto ddNTP não tem 3'-OH. Assim, esta é a principal diferença entre dNTP e ddNTP. Além disso, o dNTP pode sintetizar uma fita de DNA enquanto o ddNTP pode encerrar a polimerização do DNA. Portanto, os ddNTPs são usados no sequenciamento de Sanger para produzir diferentes fitas de DNA com comprimentos variados. Durante o sequenciamento Sanger, o dNTP e o ddNTP são incluídos.
