Key Difference – Ligadura de extremidade romba vs Sticky End
As endonucleases de restrição são enzimas específicas que cortam o DNA de fita dupla (dsDNA). Eles também são conhecidos como tesouras moleculares em biologia molecular. As enzimas de restrição são capazes de reconhecer sequências curtas específicas do dsDNA conhecidas como sítios de reconhecimento e clivar ligações fosfodiéster e hidrogênio para abrir fitas duplas. Como resultado da clivagem por essas enzimas, são produzidos fragmentos de DNA com diferentes tipos de extremidades, como extremidades adesivas e extremidades rombas. A DNA ligase é uma enzima usada na biologia molecular para unir duas fitas adjacentes de DNA formando novas ligações. A etapa é conhecida como ligação e de acordo com o tipo de extremidade do DNA ligada, elas podem ser referidas como ligação de extremidade cega e ligação de extremidade aderente. A principal diferença entre a ligação de extremidade romba e aderente é que a ligação de extremidade romba ocorre entre fragmentos de DNA que contêm duas extremidades rombas, enquanto a ligação de extremidade aderente ocorre entre saliências 5' e 3'. Em comparação com a ligadura de extremidade romba, a ligadura de extremidade aderente é mais eficiente e estável.
O que é uma ligadura de extremidade sem corte?
Algumas endonucleases de restrição podem cortar o DNA nas bases opostas e produzir fragmentos de DNA de extremidades rombas. Essas enzimas são conhecidas como cortadores de pontas cegas; eles clivam diretamente até o meio do local de restrição sem deixar bases salientes de fita simples. As extremidades sem corte também são conhecidas como extremidades não salientes, pois não possuem bases salientes de 3' e 5' nas extremidades. Ambas as fitas terminam a partir de pares de bases em extremidades rombas. As enzimas de corte de extremidades cegas comuns são EcoRV HaeIII, AluI e SmaI.
A ligadura de extremidade sem corte está envolvida entre duas extremidades sem corte. Não é uma ligadura de bases salientes. Esta ligação é menos eficiente do que a ligadura de extremidade adesiva. No entanto, em algumas ocasiões, a ligação de extremidade cega torna-se mais vantajosa do que a ligação de extremidade adesiva, especialmente ao ligar produtos de PCR. Os produtos de PCR são sempre produzidos com pontas rombas. A ligação de extremidade romba não requer extremidades complementares no DNA para a ligação.
Figura 01: Produção da extremidade sem corte pela enzima Eco RV
O que é uma Ligadura Sticky End?
Algumas endonucleases de restrição são capazes de cortar dsDNA, deixando um pedaço pendente de DNA de fita simples no final. Essas extremidades são conhecidas como extremidades pegajosas ou salientes. A ligação da extremidade adesiva ocorre entre dois fragmentos de DNA que contêm saliências correspondentes porque as extremidades adesivas possuem bases não pareadas e requerem bases complementares para formar ligações. Portanto, é necessário usar a mesma enzima de restrição para ambas as fontes de DNA para produzir os fragmentos de ligação correspondentes.
A ligadura de extremidade pegajosa é mais eficiente e muitas vezes é altamente desejável em processos de clonagem. Existem várias enzimas de restrição que produzem extremidades pegajosas. Eles são EcoRI, BamHI, HindIII etc.
Figura 02: Produção final pegajosa pela enzima Eco RI
Qual é a diferença entre a ligadura de extremidade sem corte e adesiva?
Blunt vs Sticky End Ligation |
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| A ligação de extremidade romba ocorre entre dois fragmentos de DNA de extremidade romba. | A ligação de extremidade aderente ocorre entre dois fragmentos de DNA correspondentes com extremidades aderentes. |
| Enzimas | |
| Os cortadores de pontas rombas produzem pontas rombas. | Os cortadores de pontas adesivas produzem pontas pegajosas ou coesas. |
| Requisito de Correspondência de Extremidades | |
| Não requer correspondência de fragmentos ou bases complementares. | Requer bases complementares nas extremidades para formar pares de bases. |
| Eficiência | |
| É menos eficiente que a ligadura de extremidade adesiva | É mais eficiente que a ligadura romba. |
Resumo – Ligadura Contínua vs Sticky End
As endonucleases de restrição são capazes de clivar o dsDNA e produzir fragmentos de DNA com diferentes extremidades. Eles reconhecem sequências específicas e restringem o DNA criando extremidades pegajosas e sem corte. As extremidades adesivas têm bases não pareadas no final dos fragmentos. As extremidades sem corte são criadas devido a uma clivagem reta e têm pares de bases nas extremidades. A ligação de extremidade pegajosa requer dois pedaços de DNA de fita simples complementares. A ligação da extremidade romba ocorre entre quaisquer dois fragmentos da extremidade romba. Esta é a diferença entre ligadura romba e pegajosa.
