A principal diferença entre contig e scaffold é que um contig não possui lacunas, enquanto um scaffold consiste em contigs e lacunas.
O sequenciamento do genoma de organismos multicelulares é muito difícil em comparação com o sequenciamento de organismos unicelulares. O sequenciamento shotgun de genoma inteiro é uma técnica de sequenciamento de genoma fácil e rápida para genomas multicelulares. É um método que sequencia muitos fragmentos de DNA sobrepostos em paralelo. Nesse método, pequenos fragmentos são montados em fragmentos maiores e depois em contigs maiores usando um computador. Em seguida, os contigs são montados em andaimes e, finalmente, em um cromossomo. Portanto, contig é um trecho contínuo de sequências de nucleotídeos, enquanto scaffold é uma porção do genoma que consiste em contigs e lacunas. Tanto o contig quanto o scaffold são sequências genômicas reconstruídas.
O que é Contig?
Contig é uma sequência genômica. É um trecho contínuo de sequências compostas de bases A, C, G e T. Ele é formado juntando vários pequenos pedaços de DNA sobrepostos em uma sequência mais longa. Em palavras simples, contig é um conjunto de um conjunto de fragmentos de sequência. A criação de contig envolve a identificação de fragmentos de sequência sobrepostos com base em métodos de alinhamento e correspondência de strings locais que identificam extremidades sobrepostas das sequências.
Contigs não possuem lacunas. É uma parte de um andaime. Os contigs são encadeados ao criar um andaime. Requer informações adicionais sobre a posição relativa e orientação dos contigs no genoma. As lacunas separam os contigs em um andaime. Basicamente, a montagem do contig é um passo importante no sequenciamento shotgun de genoma completo. Os contigs são montados finalmente em uma sequência genômica completa. A montagem contig normalmente requer a compreensão de algoritmos de correspondência de strings e alinhamento de sequências.
O que é um andaime?
Um andaime é uma sequência genômica reconstruída a partir de clones de espingarda de genoma completo sequenciados. Estruturalmente, um andaime consiste em contigs e lacunas. Portanto, os andaimes são criados encadeando contigs e separando-os por lacunas. A criação de andaimes precisa de informações sobre a posição relativa e orientação dos contigs no genoma. A montagem de espingarda de genoma inteiro visa representar cada sequência genômica em um andaime. Mas, não é bem possível. Assim, um cromossomo pode ser representado por vários scaffolds. Às vezes, os andaimes podem se sobrepor. Além disso, alguns andaimes podem ser filtrados durante a montagem.
Figura 02: Visão geral do conjunto da espingarda de genoma inteiro
O comprimento de uma lacuna de andaime não mostra seu comprimento verdadeiro. Geralmente, as folgas são definidas arbitrariamente para determinados comprimentos fixos. Assim, essas lacunas e incertezas em seus comprimentos criam problemas na compreensão das verdadeiras relações espaciais de elementos funcionais em genomas e a extensão real da informação perdida. Às vezes, as lacunas representam informações genômicas ausentes.
Quais são as semelhanças entre Contig e Scaffold?
- Contig e scaffold são sequências genômicas compostas por sequências de nucleotídeos.
- Scaffolds são compostos de contigs e gaps.
Qual é a diferença entre Contig e Scaffold?
Um contig é uma sequência contínua montada a partir de um conjunto de fragmentos de sequência. Em contraste, um andaime é uma porção da sequência genômica reconstruída pelo encadeamento de contigs. Então, esta é a principal diferença entre contig e scaffold. Além disso, os contigs não possuem lacunas, enquanto os contigs em um scaffold são separados por lacunas.
Abaixo o infográfico tabula mais diferenças entre contig e scaffold.
Resumo – Contig vs Andaime
Tanto contig quanto scaffold são sequências de nucleotídeos reconstruídas em projetos de sequenciamento de genoma completo. Contig é um trecho contínuo da sequência genômica contendo as bases A, C, G e T sem lacunas. O scaffold é uma sequência genômica composta por contigs e gaps. Assim, os componentes de montagem mais curtos são contigs, enquanto os andaimes são montagens de contigs. Finalmente, os scaffolds são montados em cromossomos no sequenciamento de todo o genoma. Assim, isso resume a diferença entre contig e scaffold.
