A principal diferença entre o BLAST e o FastA é que o BLAST é uma ferramenta básica de alinhamento disponível no site do Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia, enquanto o FastA é uma ferramenta de busca de similaridade disponível no site do Instituto Europeu de Bioinformática.
BLAST e FastA são dois softwares amplamente usados para comparar sequências biológicas de DNA, aminoácidos, proteínas e nucleotídeos de diferentes espécies e procurar suas semelhanças. Esses algoritmos foram escritos tendo em mente a velocidade. Porque, quando os cientistas conseguiram isolar o DNA em laboratório em meados da década de 1980, surgiu a necessidade de comparar e encontrar genes idênticos para novas pesquisas em alta velocidade. Assim, esses dois softwares foram desenvolvidos de forma que o usuário possa fazer uma busca rápida de sequências semelhantes com a de suas sequências de consulta.
BLAST é um acrônimo para Basic Local Alignment Search Tool e usa a abordagem localizada na comparação das duas sequências. FastA é um software que se refere ao Fast A, onde A significa Todos. Aqui, o software funciona com alfabetos como Fast A para sequenciamento de DNA e Fast P para proteína. Tanto o BLAST quanto o FastA são muito rápidos na comparação de qualquer banco de dados de genomas e, portanto, são muito viáveis monetariamente e economizando tempo.
O que é BLAST?
BLAST é um dos softwares de bioinformática mais amplamente utilizados, desenvolvido em 1990. Desde então, está disponível para todos no site do NCBI. Além disso, qualquer pessoa pode acessar este software e usá-lo. Além disso, o BLAST é um software que precisa de dados de entrada ou sequências no formato FastA. Mas fornece dados de saída em formato de texto simples, HTML ou XML. O BLAST trabalha com o princípio de procurar semelhanças localizadas entre duas sequências e listar as sequências semelhantes e, depois disso, procurar semelhanças de vizinhança.
Figura 01: Resultados do BLAST
Assim, este software procura um grande número de regiões locais semelhantes e dá o resultado ao atingir um valor limite. No entanto, esse processo é diferente do software anterior, que pesquisa a sequência inteira primeiro e depois faz a comparação e, portanto, leva muito tempo.
Além da verificação de similaridade acima, o BLAST tem muitos outros usos, como mapeamento de DNA, comparação de dois genes idênticos em espécies diferentes, criação de uma árvore filogenética, etc.
O que é FastA?
FastA é um software de alinhamento de sequências de proteínas. David J. Lipman e William R. Pearson descreveram esse software em 1985. Embora o uso inicial desse software fosse apenas para comparar as sequências de proteínas, a versão modificada também era capaz de comparar as sequências de DNA. Aqui, este software usa o princípio de encontrar a semelhança entre duas sequências estatisticamente. Ele combina uma sequência do DNA ou proteína com outra sequência pelo método de alinhamento de sequência local.
Figura 02: FastA
No entanto, ele procura por regiões locais para similaridade, mas não a melhor correspondência entre duas sequências. Como este software compara semelhanças localizadas às vezes, ele também pode apresentar incompatibilidades. Em uma sequência, FastA pega uma pequena parte conhecida como k-tuplas, onde as tuplas podem ser de 1 a 6 e combinam com as k-tuplas da outra sequência. No final do processo de correspondência, quando atinge um valor limite, produz o resultado.
Quais são as semelhanças entre BLAST e FastA?
- BLAST e FastA são ferramentas de bioinformática usadas para comparar sequências de proteínas e DNA para semelhanças.
- Além disso, ambos os programas usam uma estratégia de pontuação para fazer comparações entre as sequências.
- Além disso, ambas as ferramentas produzem resultados altamente precisos.
Qual é a diferença entre BLAST e FastA?
BLAST é uma ferramenta para verificar a semelhança entre sequências biológicas. Por outro lado, FastA é outro programa que facilita a verificação de similaridade de sequências de proteínas e DNA. No entanto, em comparação com o FastA, o software BLAST é muito popular, pois produz resultados mais precisos e rápidos. Portanto, esta é a diferença entre BLAST e FastA. Além disso, diferentemente do FastA, o programa BLAST é modificável de acordo com a necessidade do usuário. Portanto, esta é outra diferença entre BLAST e FastA.
O infográfico abaixo sobre a diferença entre BLAST e FastA fornece mais detalhes.
Resumo – BLAST vs FastA
BLAST e FastA são dois programas que permitem ao usuário comparar sua sequência de consultas com as sequências nos bancos de dados existentes e verificar as semelhanças. O objetivo inicial do FastA era comparar apenas sequências de proteínas. Mas, a versão modificada deste software facilita as comparações de sequências de proteínas e DNA. Embora o FastA seja um bom software, a maioria das pessoas usa a ferramenta de alinhamento BLAST, pois é mais popular e produz resultados mais precisos e rápidos do que o FastA. Além disso, a ferramenta BLAST é modificável de acordo com os requisitos do usuário. Em resumo, isso resume a diferença entre BLAST e FastA.
