Diferença Chave – Caminhada Cromossômica vs S alto
Chromosome walking e cromossomo jumping são duas ferramentas técnicas usadas em biologia molecular para localizar genes nos cromossomos e mapeamento físico dos genomas. A caminhada cromossômica é uma técnica usada para clonar um gene alvo em uma biblioteca genômica por meio do isolamento e clonagem repetidos de clones adjacentes da biblioteca genômica. O s alto cromossômico é uma versão especial da caminhada cromossômica que supera os pontos de interrupção da caminhada cromossômica. A caminhada cromossômica só pode sequenciar e mapear pequenos comprimentos de cromossomos, enquanto o s alto cromossômico permite o sequenciamento de grandes partes dos cromossomos. Esta é a principal diferença entre caminhada cromossômica e s alto cromossômico.
O que é caminhada cromossômica?
Chromosome walking é uma ferramenta que explora as regiões de sequência desconhecidas dos cromossomos usando fragmentos de restrição sobrepostos. Na caminhada cromossômica, uma parte de um gene conhecido é usada como sonda e continuada com a caracterização de todo o comprimento do cromossomo a ser mapeado ou sequenciado. Isso vai do marcador ao comprimento alvo. Na caminhada cromossômica, as extremidades de cada fragmento sobreposto são usadas para hibridização para identificar a próxima sequência.
As sondas são preparadas a partir das peças finais do DNA clonado e são subclonadas. Em seguida, eles são usados para encontrar o próximo fragmento sobreposto. Todas essas sequências sobrepostas são usadas para construir o mapa genético do cromossomo e localizar os genes alvo. É um método de análise de longos trechos de DNA por pequenos fragmentos sobrepostos da biblioteca genômica reconstruída.
Técnica de Caminhada com Cromossomos – Passos
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Isolamento de um fragmento de DNA que contém o gene conhecido ou marcador próximo ao gene alvo
- Preparação do mapa de restrição do fragmento selecionado e subclonagem da região final do fragmento para uso como sonda
- Hibridização da sonda com o próximo fragmento sobreposto
- Preparação do mapa de restrição do fragmento 1 e subclonagem da região terminal do fragmento 1 para uso como sonda para identificação do próximo fragmento sobreposto.
- Hibridização da sonda com o próximo fragmento sobreposto 2
- Preparação do mapa de restrição do fragmento 2 e subclonagem da região terminal do fragmento 2 para servir de sonda para a identificação do próximo fragmento sobreposto
As etapas acima devem ser continuadas até o gene alvo ou até 3' do comprimento total da sequência.
Figura 01: Técnica de caminhada cromossômica
A caminhada cromossômica é um aspecto importante da citogenética para encontrar SNPs de muitos organismos e analisar as doenças geneticamente transmitidas e encontrar mutações de genes relevantes.
O que é s alto de cromossomo?
S alto cromossômico é uma técnica usada em biologia molecular para mapeamento físico de genomas de organismos. Esta técnica foi introduzida para superar uma barreira da caminhada cromossômica que surgiu ao encontrar as regiões repetitivas do DNA durante o processo de clonagem. Portanto, a técnica de s alto cromossômico pode ser considerada como uma versão especial da caminhada cromossômica. É um método rápido em comparação com a caminhada cromossômica e permite contornar as sequências de DNA repetitivas que não são propensas a serem clonadas durante a caminhada cromossômica. O s alto cromossômico reduz a lacuna entre o gene alvo e os marcadores conhecidos disponíveis para mapeamento do genoma.
A ferramenta de s alto cromossômico começa com o corte de um DNA específico com endonucleases de restrição especiais e a ligação dos fragmentos em alças circulares. Em seguida, um primer projetado a partir de uma sequência conhecida é usado para sequenciar as alças circulares. Este primer permite s altar e sequenciar de forma alternativa. Assim, ele pode contornar as sequências repetitivas de DNA e percorrer rapidamente o cromossomo para a busca do gene alvo.
A descoberta do gene que codifica a doença da fibrose cística foi feita usando a ferramenta de s alto cromossômico. Combinados, o s alto cromossômico e a caminhada podem melhorar o processo de mapeamento do genoma.
Figura 02: S alto cromossômico
Qual é a diferença entre Cromossoma Caminhada e S alto?
Chromossome Walking vs Jumping |
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| Chromosome é uma ferramenta usada em biologia molecular para mapeamento de genoma e localização de genes específicos. | Chromosome jumping é uma ferramenta usada para mapeamento físico de genomas e rápida descoberta de genes-alvo nos cromossomos. |
| Comprimentos Comparativos de Sequenciamento | |
| Apenas pequenos fragmentos podem ser clonados por caminhada cromossômica. | Os maiores comprimentos dos cromossomos podem ser mapeados pelo s alto cromossômico. |
| Clonagem de DNA repetitivo em cromossomos | |
| A técnica de caminhada cromossômica tem dificuldade em percorrer as sequências repetidas de DNA encontradas nos cromossomos. | Permite contornar as sequências de DNA repetitivas. Portanto, não há dificuldade em encontrá-los durante o sequenciamento. |
| Fatores que Afetam os Processos | |
| O sucesso do processo depende do tamanho do genoma e da distância que deve ser “percorrida” de uma posição genômica conhecida até o gene desejado. | O sucesso não depende do tamanho do genoma da distância do marcador ao alvo. |
| Efeitos do DNA não clonado | |
| A caminhada cromossômica pode ser interrompida por fragmentos de DNA não clonados. | A nota mais grave que os piccolos podem tocar é D4. |
| Necessidade de uma sequência conhecida | |
| O processo começa com um gene conhecido próximo ao alvo. | O processo requer um fragmento conhecido para o desenho do primer. |
Resumo – Caminhada Cromossômica vs S alto
Chrosomal walking é frequentemente aplicado quando se sabe que um determinado gene está localizado próximo a um gene previamente clonado em um cromossomo e é possível identificá-lo com o isolamento repetido de clones genômicos adjacentes da biblioteca genômica. No entanto, quando regiões repetitivas de DNA são encontradas durante a técnica de caminhada cromossômica, o processo não pode ser continuado. Assim, a técnica rompe a partir desse ponto. O s alto cromossômico é uma ferramenta de biologia molecular que supera essa limitação para mapeamento de genomas. Ele ignora essas regiões repetitivas de DNA que são difíceis de clonar e ajuda no mapeamento físico dos genomas. Esta é a principal diferença entre caminhar e pular por cromossomos.
