Key Difference – AFLP vs RFLP
Os estudos de DNA têm uma importância imensa na compreensão e determinação das relações filogenéticas, no diagnóstico de doenças genéticas e no mapeamento dos genomas dos organismos. Várias técnicas associadas à análise de DNA também são usadas para a identificação de um determinado gene ou de uma sequência de DNA em um pool de DNA desconhecido. Eles são conhecidos como marcadores moleculares. O Polimorfismo de Comprimento de Fragmento Amplificado (AFLP) e o Polimorfismo de Comprimento de Fragmento de Restrição (RFLP) são dois desses marcadores moleculares (métodos) desenvolvidos em biologia molecular para detectar variação genética entre organismos. Ambos os métodos são igualmente importantes e apresentam vantagens e desvantagens. A principal diferença entre AFLP e RFLP é que AFLP envolve amplificação seletiva por PCR do DNA digerido, enquanto RFLP não envolve amplificação seletiva por PCR dos fragmentos de DNA.
O que é AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) é uma ferramenta importante em biologia molecular e é amplamente utilizada na análise de variação genética. O AFLP é baseado na amplificação específica por PCR do DNA genômico fragmentado e na detecção do polimorfismo por autorradiografias via eletroforese em gel. A AFLP contribui amplamente para identificar diferenças genéticas em cepas ou espécies intimamente relacionadas de vários reinos, incluindo plantas, animais, bactérias e fungos. O AFLP pode ser realizado com pequenas quantidades de amostras de DNA desconhecidas. Não requer conhecimento prévio de sequência e projeto de sondas.
Passos do AFLP
- Isolamento de DNA
- Digestão do DNA com endonucleases de restrição
- Ligação dos fragmentos de DNA restritos com adaptadores
- Amplificação seletiva dos fragmentos com sítios de restrição específicos
- Separação dos produtos de PCR por eletroforese em gel
- Visualização da matriz de gel por autorradiografia
AFLP é um método mais sensível e reprodutível que pode ser usado no perfil de DNA de vários táxons, incluindo fungos, bactérias, plantas e animais sem conhecimento prévio das sequências de DNA. Ele ajuda a identificar pequenas diferenças entre indivíduos em populações devido à sua natureza altamente sensível. AFLP também é importante no mapeamento do genoma, estudos forenses, testes parentais, genotipagem, etc.
Figura 01: AFLP
O que é RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) é uma técnica que é usada para detectar as variações genéticas em sequências de DNA homólogas. É o primeiro método desenvolvido para perfis de DNA. Os organismos têm impressões digitais de DNA ou perfis de DNA exclusivos. A RFLP serve como uma ferramenta importante para analisar a variação entre perfis de DNA de organismos intraespecíficos ou intimamente relacionados, uma vez que sequências homólogas possuem diferentes sítios de restrição (locais) que são exclusivos de um determinado organismo. Quando o DNA homólogo é digerido com endonucleases de restrição específicas, resultará em diferentes perfis de DNA que são únicos para cada indivíduo. Portanto, o principal deste método é a detecção de variação genética entre organismos pela restrição de DNA homólogo com enzimas de restrição específicas e análise do polimorfismo do comprimento do fragmento via eletroforese em gel e blotting. Os padrões de blotting são únicos para cada organismo e caracterizam os genótipos específicos.
Passos de RFLP
- Isolamento de quantidade suficiente de DNA das amostras
- Fragmentação das amostras de DNA com endonucleases de restrição específicas em sequência curta
- Separação dos fragmentos resultantes com diferentes comprimentos por eletroforese em gel de agarose.
- Transferência do perfil de gel para uma membrana por Southern blotting
- Hibridização da membrana com sondas marcadas e análise do polimorfismo do comprimento do fragmento em cada perfil
RFLP é uma técnica muito importante na detecção da herança da doença e na descoberta do risco de ocorrência da doença entre os membros da família. O RFLP também é frequentemente usado no mapeamento do genoma, identificação de criminosos em perícia, testes de paternidade, etc. O RFLP também tem várias limitações. RFLP requer o conhecimento prévio de dados de sequência para projetar sondas para hibridização. Também requer o isolamento de quantidade suficiente de DNA da amostra para análise, o que é difícil em estudos forenses.
Figura 01: mapeamento RRFLP
Qual é a diferença entre AFLP e RFLP?
ALFP vs RFLP |
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| AFLP envolve a amplificação seletiva por PCR do DNA digerido. | RFLP não envolve PCR, a menos que seja PCR-RFLP. |
| Conhecimento da Sequência | |
| Não é necessário conhecimento prévio da sequência. | É necessário conhecimento prévio de sequência para projetar sondas RFLP. |
| Confiabilidade | |
| Isso é mais confiável. | Isso é menos confiável comparado ao AFLP. |
| Eficiência na detecção de polimorfismo | |
| Isso tem uma eficiência maior na detecção de polimorfismo do que RFLP. | Isso é menos eficiente comparado ao AFLP. |
| Custo | |
| Este é um pouco caro comparado ao RFLP. | Este é mais barato comparado ao AFLP. |
| Aplicativos | |
| AFLPs foram aplicados ao mapeamento do genoma, impressão digital de DNA, estudos de diversidade genética, testes de paternidade e forense | A análise RFLP é uma ferramenta importante no mapeamento do genoma, localização de genes para distúrbios genéticos, determinação do risco de doença e teste de paternidade. |
Resumo – AFLP vs RFLP
AFLP e RFLP são duas técnicas utilizadas como marcadores genéticos para avaliação da diversidade e avaliação das relações genéticas em biologia molecular. AFLP serve como um método eficiente e sensível para detecção de polimorfismo genético entre organismos do que RFLP. No entanto, embora ambos os métodos tenham eficiências diferentes na detecção de variações genéticas, eles ainda são usados para impressão digital de DNA e diagnóstico de doenças.
