Key Difference – RAPD vs RFLP
Marcadores genéticos são usados em Biologia Molecular para identificar variações genéticas entre indivíduos e espécies. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) e Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) são dois importantes marcadores moleculares usados rotineiramente em laboratórios. O RAPD é realizado com primers oligonucleotídicos curtos e arbitrários, e é baseado na amplificação aleatória das múltiplas localizações ao longo do DNA molde do organismo. A RFLP é realizada com uma endonuclease de restrição específica e é baseada no polimorfismo dos fragmentos de restrição resultantes e na hibridização. A principal diferença entre RAPL e RFLP é que RAPD é um tipo de técnica de PCR realizada sem o conhecimento prévio da sequência, enquanto a RFLP não está envolvida na PCR e requer conhecimento prévio da sequência para realizar a técnica.
O que é RAPD?
RAPD é um marcador molecular útil em biologia molecular. É uma técnica rápida e fácil. RAPD pode ser definido como um método que resulta em sequências de DNA polimórficas como resultado da amplificação aleatória de múltiplas localizações do molde de DNA alvo. RAPD usa primers oligonucleotídicos curtos com sequências arbitrárias para a amplificação por PCR. Os primers são sintetizados artificialmente sem o conhecimento prévio da sequência. Por isso, é considerada uma técnica fácil e útil.
As etapas principais a seguir estão envolvidas no RAPD.
- Extração do DNA alvo
- Amplificação das múltiplas localizações do DNA alvo usando primers escolhidos aleatoriamente
- Eletroforese em gel dos produtos de PCR amplificados
- Coração com brometo de etídio e identificação do polimorfismo
Como resultado da variação no anelamento do primer, diferentes fragmentos com diferentes comprimentos são gerados durante a amplificação. Assim, os padrões de bandas nos géis são diferentes entre indivíduos e espécies. Assim, o RAPD possibilita a detecção de variação genética entre organismos na identificação e diferenciação.
RAPD é aplicado em vários estudos de biologia molecular, como identificação da diferença genética entre espécies intimamente relacionadas, mapeamento de genes, impressão digital de DNA, identificação de doenças hereditárias, etc.
Figura 01: RAPD
O que é RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) é um marcador molecular utilizado em biologia molecular para a identificação de variação genética em sequências de DNA homólogas. É o primeiro marcador genético desenvolvido para impressão digital de DNA. Todos os organismos produzem perfis de DNA únicos quando restritos a enzimas de restrição específicas. RFLP serve como uma ferramenta importante na produção de perfis de DNA únicos de indivíduos e detecção de variação genética entre eles. Quando as amostras de DNA são digeridas com endonucleases de restrição específicas, produz diferentes perfis de DNA que são únicos para cada indivíduo. Portanto, o principal deste método é a detecção de variação genética entre organismos pela restrição de DNA homólogo com enzimas de restrição específicas e análise do polimorfismo do comprimento do fragmento via eletroforese em gel e blotting. Os padrões de blotting são únicos para cada organismo e caracterizam os genótipos específicos.
As etapas a seguir estão envolvidas com RFLP.
- Isolamento de quantidade suficiente de DNA das amostras
- Fragmentação das amostras de DNA com endonucleases de restrição específicas em sequência curta
- Separação dos fragmentos resultantes com diferentes comprimentos por eletroforese em gel de agarose.
- Transferência do perfil de gel para uma membrana por Southern blotting
- Hibridização da membrana com sondas marcadas e análise do polimorfismo do comprimento do fragmento em cada perfil
RFLP possui diversas aplicações como diagnóstico de doenças hereditárias, mapeamento de genoma, identificação criminal em estudos forenses, testes de paternidade, etc.
Figura 02: Genotipagem RFLP
Qual é a diferença entre RAPD e RFLP?
RAPD vs RFLP |
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| RAPD é um marcador molecular baseado em primers aleatórios e PCR. | RFLP é um marcador molecular baseado na produção de diferentes fragmentos de restrição de comprimento. |
| Amostra Obrigatória | |
| Pequenas amostras de DNA são suficientes para a análise RAPD. | Uma grande quantidade de amostra de DNA extraída é necessária para a análise RFLP. |
| Tempo | |
| RAPD é um processo rápido. | RFLP é um processo demorado. |
| Uso de primer | |
| Primeiros aleatórios são usados e os mesmos primers podem ser usados para espécies diferentes. | As sondas específicas da espécie são usadas em RFLP para hibridização. |
| Confiabilidade | |
| A confiabilidade da técnica é menor em comparação com RFLP. | RFLP é uma técnica confiável. |
| Blotting | |
| RAPD envolve Southern blotting. | Southern blotting é uma etapa do RFLP. |
| Detecção de Variação Alélica | |
| Variações alélicas não podem ser detectadas pelo RAPD. | Variações alélicas podem ser detectadas por RFLP. |
| Necessidade de Conhecimento de Sequência | |
| RAPD não requer conhecimento prévio da sequência. | É necessário conhecimento prévio da sequência para o projeto do apalpador. |
| PCR | |
| PCR está envolvido com RAPD | PCR não está envolvido com RFLP. |
| Reprodutibilidade | |
| RAPD tem baixa reprodutibilidade | RFLP tem uma alta reprodutibilidade em comparação com RAPD. |
Resumo – RAPD vs RFLP
RAPD e RFLP são importantes marcadores usados em biologia molecular. Ambos os métodos são capazes de detectar a variação genética entre os organismos. O RAPD é realizado usando primers aleatórios. A RFLP é realizada usando enzimas de restrição específicas. Ambos os métodos produzem perfis de DNA exclusivos para organismos individuais. O RAPD está envolvido em poucos passos comparativamente ao RFLP. Mas produz resultados menos confiáveis e reproduzíveis do que RFLP. Esta é a principal diferença entre RAPD e RFLP.
