Diferença chave – Exoma vs Sequenciamento de RNA
Sequenciamento de ácidos nucleicos é a técnica que determina a ordem dos nucleotídeos em um determinado fragmento de DNA ou RNA de um organismo. O sequenciamento é importante para identificar a composição de DNA e RNA da célula e distinguir certos genes que codificam proteínas funcionais; assim, o sequenciamento pode ser usado para entender as mutações desses genes e expressões gênicas. O método de sequenciamento Sanger ou os métodos de sequenciamento de próxima geração mais avançados são os métodos de sequenciamento comumente utilizados. O sequenciamento do exoma é o sequenciamento do conjunto completo de exons ou regiões de DNA codificantes presentes em um organismo, enquanto o sequenciamento de RNA é o procedimento de sequenciamento de ácidos ribonucleicos (RNA). Esta é a principal diferença entre o sequenciamento de exoma e RNA.
O que é Sequenciamento de Exoma?
Exoma é um subconjunto do genoma que consiste nos genes codificadores de um organismo em particular. Os genes codificadores são denominados como éxons e são transcritos em mRNA e então traduzidos em sequências de aminoácidos. Durante as modificações pós-transcricionais, o mecanismo de splicing de RNA em eucariotos remove os íntrons (regiões não codificantes) e os éxons permanecem. Existem duas técnicas principais nas quais o seqüenciamento de exoma é feito: baseado em solução e baseado em array.
No sequenciamento de exoma baseado em solução, as amostras de DNA são fragmentadas usando enzimas de restrição ou método mecânico e desnaturadas por calor. Nesta técnica, sondas oligonucleotídicas biotiniladas (iscas) são usadas para hibridizar seletivamente com regiões alvo no genoma. Grânulos magnéticos de estreptavidina são usados para a etapa de ligação. A ligação é seguida por uma etapa de lavagem onde as sequências não ligadas e não direcionadas são lavadas. Os alvos ligados são então amplificados usando a reação em cadeia da polimerase (PCR) e, em seguida, são sequenciados usando técnicas de sequenciamento de Sanger ou sequenciamento de próxima geração.
Figura 01: Sequenciamento do Exoma
O método baseado em array também é semelhante ao método baseado em solução, exceto que os fragmentos de DNA são capturados em um micro array e, em seguida, as etapas de ligação e lavagem seguem antes de serem sequenciadas.
O sequenciamento do exoma é usado em muitas aplicações, como diagnóstico genético de doenças, na terapia genética, na identificação de novos marcadores genéticos, na agricultura para identificar várias características agronômicas benéficas e em procedimentos de melhoramento de plantas.
O que é sequenciamento de RNA?
Sequenciamento de RNA é baseado no transcriptoma, que são os transcritos completos da célula. Os principais objetivos do sequenciamento de RNA são catalogar todas as espécies do transcrito, incluindo mRNA, RNA não codificante e RNA pequeno, para determinar a estrutura transcricional dos genes e quantificar os níveis de expressão de cada transcrito durante o desenvolvimento. Durante o sequenciamento de RNA, as tecnologias de hibridização (que eram DNA complementar derivado de sequências de mRNA maduras) foram inicialmente usadas para o sequenciamento. Atualmente, uma técnica mais precisa e avançada é usada para sequenciamento de RNA.
Figura 02: Sequenciamento de RNA
No sequenciamento de RNA, uma amostra de RNA que pode ser RNA total ou RNA fracionado é convertida em seu DNA complementar (cDNA) usando transcrição reversa, e uma biblioteca de cDNA é preparada. Cada fragmento de cDNA é anexado a adaptadores em ambos os lados (sequenciamento de extremidade de par) ou em um lado (sequenciamento de extremidade única). Essas sequências marcadas são sequenciadas usando sequenciamento Sanger ou próxima geração, como sequenciamento de exoma.
Quais são as semelhanças entre exoma e sequenciamento de RNA?
- Fragmentos selecionados curtos ou todo o conjunto de DNA/RNA podem ser usados para sequenciamento de Exoma ou RNA.
- Fragmentos sequenciados são preservados nas bibliotecas.
- Sequenciamento Sanger ou sequenciamento Next Generation podem ser usados.
- Ambos são métodos de sequenciamento in vitro.
- Fragmentos sequenciados podem ser determinados por tags fluorescentes.
Qual é a diferença entre exoma e sequenciamento de RNA?
Exoma vs Sequenciamento de RNA |
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| Sequenciamento de exomas é o sequenciamento do conjunto completo de éxons ou regiões codificantes de DNA presentes em um organismo. | Sequenciamento de RNA refere-se ao procedimento de sequenciamento de ácidos ribonucleicos (RNA); o transcriptoma. |
| Amostra Inicial | |
| O DNA genômico é a amostra inicial do sequenciamento do exoma. | RNA é a amostra inicial do sequenciamento de RNA. |
| Composição | |
| Este contém apenas regiões codificantes do DNA total conhecidas como Exons | Este contém RNA-mRNA / transcriptoma. |
| Sequenciamento | |
| Existem dois métodos principais de sequenciamento de exoma; tecnologias baseadas em solução e baseadas em array. | A sequenciação de ARN é feita através da preparação de uma biblioteca de cDNA extraindo o ARN total ou ARN fragmentado. |
Resumo – Exoma vs Sequenciamento de RNA
Exome é o conjunto completo de regiões codificantes de um organismo e as técnicas envolvidas na determinação da ordem exata de nucleotídeos do Exome são conhecidas como sequenciamento do exoma. O sequenciamento de RNA é a técnica envolvida na determinação da ordem de nucleotídeos do RNA de um organismo. Esta é a diferença entre o sequenciamento de exoma e RNA.
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